正在进行修业之旅的小智（松本梨香配音）、小刚（うえだゆうじ配音）、小遥（KAORI配音）和小正（山田ふしぎ配音），在前往下一个城镇的路上迷失方向口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美（眞鍋かをり配音）及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代，她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普（藤岡弘配音）夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿，神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败，他将与洋美、小精灵护林员杰克（山寺宏一配音）以及小智一行展开激烈的正邪争夺战……本片为神奇宝贝系列第九部电影剧场版。
